某企业2013年企业所得税年度纳税申报的应纳税所得额为-120万元（假定以前年度均盈利并缴纳企业所得税）。2014年7月税务机关对该企业的2013年度纳税情况进行税务稽查发现如下问题：
（1）2013年度6月企业以上年工资总额的10%标准为全体职工支付补充养老保险，合计30万元，计入“管理费用”，12月进行账务调整，将超过2013年职工工资总额的5%部分12万元调整计入“应付职工薪酬-应付职工福利费”。因当年实际发生的职工福利费用未超过规定标准，2013年企业所得税年度纳税申报时，未作纳税调整。
（2）2011年已作为“坏账损失”税前扣除的应收账款30万元，于2013年8月重新收回，企业将收到款项计入“其他应付款”，2013年企业所得税年度纳税申报时未缴纳企业所得税。
（3）2013年7月，拒收供货方提供的预定货物，向供货方支付违约金4万元，企业计入“营业外支出”，2013年企业所得税年度纳税申报时未作纳税调整增加。
针对上述问题，税务稽查部门，作出如下决定，并于2014年8月制作《税务处理决定书》、《税务行政处罚告知书》通知该企业：调增该企业2013年度企业所得税所得额46万元，分别为：超过当年职工工资标准的5%补充养老保险部分计12万元不允许在企业所得税税前扣除、以前年度已作资产损失当年收回的30万元应计入所得额、支付供货方违约金4万元不允许税前扣除。同时作出补税、罚款和加收滞纳金的决定：对调增的所得额按适用税率应补缴企业所得税11.5万元，自2014年1月1日起按日加收万分之五的滞纳金和按应补税额处以0.5倍的罚款。企业未提出听证的要求，税务局下达《税务行政处罚决定书》。
问题：税务机关对该企业2013年企业所得税作出的补税（或追缴）、罚款和加收滞纳金的处理有哪些方面不当？并说明理由。
甲公司为增值税一般纳税人，适用的增值税税率为17%，期初无留抵增值税税额，适用企业所得税税率为25%。甲公司2013年1月份发生如下经济业务。
（1）1日，甲公司委托乙公司销售商品2000件，商品已经发出，每件成本为60元。合同约定乙公司应按每件100元对外销售，甲公司按不含增值税的售价的10%向乙公司支付手续费。至本月31日，乙公司对外实际销售1000件，开出的增值税专用发票上注明的销售价款为10万元，增值税税额为1.7万元，款项已经收到。甲公司收到乙公司开具的代销清单时，向乙公司开具一张相同金额的增值税专用发票。假定甲公司发出商品时纳税义务尚未发生，不考虑其他因素。
（2）2日，甲公司与丁公司签订分期收款销售合同，向丁公司销售产品50件，单位成本720元，单位售价1000元（不含增值税）。根据合同规定丁公司可享受20%的商业折扣。销售合同约定，丁公司应在甲公司向其交付产品时，首期支付20%的款项，其余款项分3个月（包括购货当月）于月末等额支付。甲公司发出产品并按全额开具增值税专用发票一张，丁公司如约支付首期货款和以后各期货款。
（3）5日，甲公司向丙公司赊销商品200件，单位售价300元（不含增值税），单位成本260元。甲公司发出商品并开具增值税专用发票。根据协议约定，商品赊销期为1个月，6个月内丙公司有权将未售出的商品退回甲公司，甲公司根据实际退货数量，给丙公司开具红字增值税专用发票并退还相应的货款。甲公司根据以往的经验，合理地估计退货率为20%。退货期满日，丙公司实际退回商品30件。
（4）10日，甲公司向戊公司销售产品150件，单位售价680元（不含增值税），单位成本520元，并开具增值税专用发票一张。甲公司在销售时已获悉戊公司面临资金周转困难，近期内很难收回货款，但考虑到戊公司的财务困难只是暂时性的，将来仍有可能收回货款，为了扩大销售，避免存货积压，甲公司仍将产品发运给了戊公司。戊公司经过一段时间的积极运作，资金周转困难逐渐得以缓解，于2013年6月1日给甲公司开出一张面值119340元、为期6个月的银行承兑汇票。假设不考虑甲公司发生的其他经济业务以及除增值税和企业所得税以外的相关税费。
根据以上资料，回答下列各题。
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